2002年6月7日，上海合作组织成员国元首理事会会议在圣彼得堡签署了《关于地区反恐机构的协定》，该机构被确定为上海合作组织常设机构。
上海合作组织地区反恐机构自成立以来，为本组织的发展作出了重大贡献，成为本组织在地区和全球层面打击恐怖主义、分裂主义和极端主义的支柱和协调中心。
地区反恐机构的国际威望逐年提高，成为多边合作取得重大安全成果的典范。
在建立地区反恐机构的阶段，重点是制定一个组织和法律框架，确定合作的原则和指导方针，并确保其工作机构——理事会和执行委员会——的适当运作。
随后，完善相关规范性法律基础一直是上合组织成员国主管机关实施打击恐怖主义、极端主义和分裂主义联合措施的重要条件。在开展这项工作的同时，还将相关国际法准则和上合组织法律文书纳入国家立法。
上海合作组织成员国元首理事会在地区反恐机构规范性工作框架内制定并批准了《上海合作组织打击恐怖主义和打击极端主义公约》以及《上海合作组织关于打击恐怖主义和打击极端主义的决定》。该文件规定了上合组织成员国主管机关在安全保障领域的务实合作问题，并规定了成员国在打击恐怖主义、分裂主义和极端主义方面直接相互协作的形式、机制和工具。
在地区反恐机构框架内，在执委员会的协调下，有针对性地开展工作，提高上合组织成员国的反恐能力，组织开展联合实践活动。这方面最有效的形式之一是自2006年以来举行的年度联合反恐演习，在演习期间实际演练了各主管机构的反应机制和合作机制，以消除各种恐怖主义威胁和行为。
每一次演习的基础都是以尽可能接近上合组织地区形成的实际作战环境和恐怖分子行动战术的原则为基础的。
在保障上合组织成员国安全不受非法移民、走私毒品、武器、爆炸物等与恐怖主义有关的跨国犯罪活动影响方面的一个单独方向，这是上合组织成员国主管机关边防部门在地区反恐机构平台上开展合作的机制。