2024年1月15日是上海合作组织秘书处成立20周年纪念日。
20年前，2004年1月15日，上合组织秘书处举行隆重成立仪式，中华人民共和国外交部长李肇星、哈萨克斯坦共和国外交部长卡西姆·若马尔特·托卡耶夫、吉尔吉斯共和国外交部长阿斯卡尔·艾特马托夫、俄罗斯联邦外交部长伊戈尔·伊万诺夫、塔吉克斯坦共和国外交部长塔尔巴克·纳扎罗夫、乌兹别克斯坦共和国外交部长索迪克·萨福耶夫和上合组织首任秘书长张德广出席。
上合组织成员国元首和联合国秘书长发来贺电。
今天，上海合作组织秘书处继续认真履行重要使命，为本组织的活动提供协调和信息分析保障，为条约和法规文件提供前期法律及财务评估，负责保存本组织框架内通过的文件，为上合组织各机制性会议提供组织和技术支持，负责协调本组织同观察员国和对话伙伴合作，同其他国际组织发展关系等。
秘书处由秘书长领导，秘书长由国家元首理事会根据上合组织成员国外交部长理事会建议批准。上合组织历任秘书长：2004-2006年，中华人民共和国张德广；2007-2009年，哈萨克斯坦共和国努尔加利耶夫；2010-2012年，吉尔吉斯共和国伊马纳利耶夫；2013-2015年，俄罗斯联邦梅津采夫；2016-2018年，塔吉克斯坦共和国阿利莫夫；2019-2021年，乌兹别克斯坦共和国诺罗夫；自2022年起，中华人民共和国张明。
目前，本组织9个成员国常驻秘书处代表在北京积极开展工作。
秘书处工作人员由成员国派遣的36名官员组成。秘书处设有6个部门，分别主管政治、经济、人文、信息分析、行政法务和国际合作。