国家协调员理事会是本组织日常活动的协调和管理机构。理事会为国家元首会议、政府首脑（总理）会议和外交部长会议作必要准备。国家协调员由各成员国根据各自国内规定和程序任命。

理事会至少每年举行三次会议。主办国家元首会议例会的成员国国家协调员担任会议主席，任期自上次国家元首会议例会结束日起,至下次国家元首会议例会开始日止。

根据国家协调员理事会工作条例,受外交部长会议主席委托，国家协调员理事会主席可对外代表组织。