2016年10月27日，上海合作组织秘书长阿利莫夫同联合国秘书长潘基文在纽约联合国总部举行会见。会见伊始，双方热情握手，阿利莫夫在贵宾簿上签名。
阿利莫夫在会见开始时指出，“首先，我想对您作为联合国秘书长所做的不懈努力表示衷心感谢。最近十年，国际关系经历了不平静的时期。您提升了联合国维和行动效率，关心饱受贫困和战争之苦的人民。但您最伟大的特殊贡献是动员了国际社会的力量应对气候变化，通过了重要文件《2030年可持续发展目标》。”
阿利莫夫强调，联合国是维护全球安全的权威和综合性国际机构，也是解决国家间和国际问题的主要平台。上合组织高度重视同联合国在国际和平与安全方面的合作。“我们的关系自2004年起积极发展，可以说已成为综合性的全球组织和区域组织高效合作的典范。我们将继续推动既有合作进一步发展。”
双方就维护地区安全与稳定，应对恐怖主义、分裂主义和极端主义，打击非法贩运毒品和跨国有组织犯罪，协调联合国主导下的全球反恐战略落实行动等问题充分交换了意见。潘基文高度评价上合组织地区反恐怖机构在该领域的工作，建议研究其同联合国反恐中心开展实际合作的可能性。
双方特别关注阿富汗持续冲突的问题。阿利莫夫指出，在阿富汗局势蓬勃发展中出现了新的需要警惕的情况。他表示，“我们关注并支持秉持‘阿人主导、阿人所有’原则，通过推动包容性进程，调解阿富汗国内冲突。联合国应在该问题的国际合作中发挥核心和协调作用。这在上合组织塔什干峰会宣言中得到明确。”
双方高度评价上合组织同联合国毒罪办、联合国中亚预防外交中心、联合国亚太经社会的合作，认为有必要发展和发扬上述合作。
阿利莫夫祝愿潘基文取得新的成就，并邀请他在任何方便的时间访问上合组织总部。潘基文感谢邀请。
上海合作组织秘书长阿利莫夫在纽约进行工作访问，出席2016年10月28日在纽约联合国总部举行的联合国安理会“联合国同区域和次区域组织合作”问题公开辩论，集安条约组织、上合组织、独联体是辩论重点。
 
联合国与上合组织的合作基础是2010年4月5日在塔什干签署的《关于上合组织秘书处与联合国秘书处合作的联合宣言》。