上海合作组织经济合作的核心指导文件：《上合组织未来 10 年 (2026-2035年) 发展战略》、《上海合作组织成员国政府间关于区域经济合作的基本目标和方向及启动贸易和投资便利化进程的备忘录》（2001年）；《上海合作组织成员国多边经贸合作纲要》（2020年）、《上合组织至2030年经济发展战略》及其落实行动计划。
根据上海合作组织成员国元首理事会和政府首脑（总理）理事会的决定，已设立了各成员国相关部委和/或部门负责人的磋商机制，涵盖贸易、投资、金融、交通、农业、能源、工业、标准化、植物检疫及审计等领域。
这些合作机制下设工作组包括：
经贸部门高官委员会
促进投资特别工作组
发展过境潜力特别工作组
电子商务特别工作组
贸易便利化特别工作组
海关合作特别工作组
交通运输合作特别工作组
农业合作常设工作组
工业领域常设工作组
国际道路运输便利化联合委员会
落实“上合组织成员国扩大本币结算份额路线图”的专家组。以及一些关于筹备部长级会议的专家工作组会议。
国家标准化机构会议筹备专家组
上海合作组织秘书处经济事务部负责协调上海合作组织成员国在上述领域的合作和协调。