外交部长理事会负责审议组织本组织日常工作,筹备国家元首理事会会议和在组织框架内就国际问题开展磋商。必要时,外交部长理事会可以本组织名义发表声明。

外交部长理事会会议通常于成员国元首理事会会议前一个月举行。召开外交部长理事会非例行会议需有至少两个成员国提议,并经其他所有成员国外交部长同意。2023 年 9 月，由时任上合组织轮值主席国哈萨克斯坦方面提议，在第78届联合国大会期间召开了上合组织外交部长理事会特别会议。

上合组织成员国元首理事会例行会议主办国外交部长担任上合组织外交部长理事会主席。根据理事会工作条例，外交部长理事会主席对外代表本组织。

2025 年 7 月 15 日，由中方担任主席国的上海合作组织外交部长理事会例行会议在天津召开。