上合组织成员国科技部长会议机制成立于2012年，下设上海合作组织成员国科技合作常设工作组。

根据《上海合作组织成员国政府间科技合作协定》（2013年9月13日，比什凯克），上合组织成员国科技部长会议的主要合作领域包括：环境保护与自然资源的合理利用；生命科学；农业科学； 纳米系统与材料；信息与通信技术；能源与节能；地球科学，包括地震学和地质学；以及经协商确定的其他合作领域。

从2012年到2026年，共举行10次上合组织成员国科技部长会议。

2026年5月22日，上海合作组织成员国第十届科技部长会议在吉尔吉斯斯坦比什凯克举行，会议由吉方主持。会上签署了会议纪要，通过了《上合组织“绿色技术走廊”科技合作计划（2026-2030年）》。

巴基斯坦伊斯兰共和国担任2026至2027年度上合组织成员国科技部长会议轮值主席国。