上合组织成员国科技部长会议机制成立于2012年，下设上海合作组织成员国科技合作常设工作组。
根据《上海合作组织成员国政府间科技合作协定》（2013年9月13日，比什凯克），上合组织成员国科技部长会议的主要合作领域包括：环境保护与自然资源的合理利用；生命科学；农业科学； 纳米系统与材料；信息与通信技术；能源与节能；地球科学，包括地震学和地质学；以及经协商确定的其他合作领域。
从2012年到2025年，共举行9次上合组织成员国科技部长会议会议。
2025年6月12日，上合组织成员国第九届科技部长会议在成都召开。会议签署了纪要，审议了《上合组织成员国人工智能领域合作发展规划实施路线图》。
吉尔吉斯共和国担任2025至2026年度上合组织成员国科技部长会议主席。
