上海合作组织大学由俄罗斯时任总统弗·弗·普京于2007年8月16日在上海合作组织比什凯克元首峰会上倡议成立，并得到了上海合作组织成员国——哈萨克斯坦共和国、中华人民共和国、吉尔吉斯斯坦共和国和塔吉克斯坦共和国的支持。上合组织大学构想业已制订。
在上海合作组织成员国教育部长会议（2008年10月28日，阿斯塔纳）上，签署了《关于成立和运行上海合作组织大学的纲要》。
2017年9月6日，各成员国在阿斯塔纳签署了《上海合作组织大学设立与运行协定》。
上海合作组织大学的主要使命是，基于经协商一致的创新教育项目，在上海合作组织成员国（以下简称“上合组织”或“本组织”）的经济社会发展具有优先重要意义的专业领域，开展高素质人才的联合培养。
上海合作组织大学的主要目标：
• 维护统一的教育空间和一体化趋势。
• 拓展学生、研究生、博士生及科研和教学人员的交流。
• 拓展科研与学术合作。
• 引入现代教育方法与技术。
• 就上合组织具体合作领域开展评估并制定建议。
• 为上合组织机构及其关联组织培养人才。
上海合作组织大学是由上海合作组织成员国项目高校组成的网络，各校采用统一的教学计划。
培养层次：
• 硕士，博士（研究生），学士
• 进修、专业再培训及远程教育
培养形式：
• 全日制
教学语言：
• 上海合作组织官方语言：俄文和中文
• 上海合作组织成员国官方语言
• 可能使用英语
项目院校：
• 各国根据各专业方向确定项目高校。
• 项目高校为每个专业方向指定一所协调高校。
• 项目高校按照商定的方法，负责协调“上海合作组织大学”的课程设置。
上海合作组织大学教育体系：
• 学生进入上海合作组织（SCO）大学的国家院校就读。
• 学生可在另一所院校继续深造（根据协商确定的培养方案）。
上海合作组织大学的管理制度
大学协调委员会是最高管理机构，对上海合作组织成员国教育部长会议负责。
上海合作组织大学成员国可各派一名教育机构主管教育合作的领导（通常是副部长），也可派各国上合大学项目院校校长委员会主席组成协调委员会。
大学协调委员会：
• 制定其工作规程，该规程须经上海合作组织成员国教育部长会议决议批准；
• 批准大学章程；
• 任命大学校长；
• 根据大学校长的建议，批准大学的中长期和年度工作计划；
• 听取大学校长关于大学中长期和年度工作计划执行情况的报告。
大学监察委员会旨在协助大学实施联合教育项目、 开展科研及科技项目，吸引预算外资金，在政府及非政府组织、非政府基金会和机构中维护本校的利益，并在全球教育界树立本校的良好形象。
大学监察委员会成员包括政府和非政府组织、非政府组织基金会和公共组织的代表，以及参与国的专家。