根据国家元首会议和国家政府首脑（总理）会议的决定,成员国各部门领导人定期召开会议，研究本组织框架内发展相关领域相互协作的具体问题。
会议主办国有关部门领导人担任会议主席。会议举办地点和时间预先商定。
为筹备和举办会议,经各成员国预先商定，可成立常设或临时专家工作小组，根据部门领导人会议确定的工作章程开展工作。专家小组由各成员国部门代表组成。
1、安全会议秘书会议
2、最高法院院长会议
3、公安内务部长会议
4、国防部长会议
5、军队总参谋长会议
6、司法部长会议
7、禁毒部门领导人会议
8、经贸部长会议
9、交通部长会议
10、农业部长会议
11、紧急救灾部门领导人会议
12、卫生部长会议
13、防疫部门负责人会议
14、文化部长会议
15、教育部长会议
16、科技部长会议
17、总检察长会议
18、财长和央行行长会议
19、边防部门领导人会议
20、最高审计机关负责人会议
21、旅游部门领导人会议
22、铁路部门负责人会议