发展多领域合作，维护和加强地区和平、安全与稳定，推动建立民主、公正、合理的国际政治经济新秩序，是《上海合作组织宪章》规定的上海合作组织的一项任务。
《上海合作组织成员国元首理事会莫斯科宣言》（2020年）指出：“本组织将继续推动上合组织发挥支柱作用，以《联合国宪章》和国际法为基础，构建更具代表性和更加公平的国际秩序，尊重文明多样性和各国人民自主选择政治、经济和社会发展道路，建立平等伙伴关系”。
《上海合作组织成员国长期睦邻友好合作条约》（2007年8月16日）规定，愿促进国际关系民主化，在平等、相互尊重、互信互利、不以集团和意识形态划线的基础上建立新的全球安全架构。
上合组织不是军事集团，其架构中不具备防务联盟所特有的任何特征，例如超国家指挥机构、联合军事部队等。与此同时，上述条约规定，出现威胁某一缔约方安全的情况时，该缔约方可在本组织框架内与其他缔约方举行磋商。
本组织成员国安全领域的合作以《联合国宪章》和《上海合作组织宪章》的原则为基础，强调相互尊重主权、独立、领土完整，平等互利，不干涉内政，不使用或威胁使用武力原则是国际关系稳定发展的基础，拒绝在毗邻地区谋求单方面军事优势，不针对其他国家和国际组织，和平解决成员国之间可能出现的分歧。
2025年9月1日，上海合作组织成员国元首理事会第二十五次会议（天津）结束后，通过了《上海合作组织成员国元首理事会关于第二次世界大战胜利和联合国成立80周年的声明》。
上海合作组织建立了安全会议秘书、最高法院院长、总检察长、国防部长、公安内务部长、司法和紧急救灾部门领导人会议等定期会晤机制，以便解决共同应对新威胁和新挑战的迫切问题。
上海合作组织地区反恐怖机构务实开展识别、预防和打击“三股势力”（恐怖主义、极端主义和分裂主义）工作。上合组织在打击“三股势力”、消除其发生的原因和条件，以及遏制恐怖主义意识形态、极端主义宣传和激进主义在本组织空间的传播方面取得了切实成果。
鉴于上海合作组织地区反恐怖机构的议程与最初相比已大幅扩展——特别是其中纳入了国际信息安全及打击打击跨国有组织犯罪等议题， 上海合作组织成员国已着手采取实际措施，将上海合作组织地区反恐怖机构执行委员会转型为上海合作组织应对安全威胁与挑战综合中心。
上合组织天津峰会最重要的决定之一是签署了《上合组织成员国关于应对安全威胁与挑战综合中心的协定》，中心位于塔什干，下设信息安全中心和比什凯克打击跨国有组织犯罪中心，另设杜尚别禁毒中心作为独立常设机构。这些新中心的建立标志着安全合作发展进入了新阶段。
上海合作组织不断加大打击非法贩运毒品的力度，自2009年上合组织推动建立领导人、高官、专家三级禁毒合作机制以来,成员国各方之间禁毒合作进入务实发展的新阶段。
该领域工作的基础性文件是《2024—2029年上海合作组织成员国禁毒战略》及其落实行动计划。
上海合作组织框架内开展禁毒合作的一个不可或缺的环节，是建立有效的多边机制，对用于制造和加工违禁麻醉药品的前体物质的生产、进口、出口和过境进行管控。
上海合作组织框架内的一项有效机制是成员国联合举行“蛛网”国际禁毒行动。
2025年8月4日至8日，上合组织成员国联合举行“蛛网”国际禁毒行动。初步数据显示，此次行动缴获近10吨毒品和超过21吨前体。
2011年6月，上海合作组织秘书处与联合国毒品和犯罪问题办公室签署了谅解备忘录。自2017年以来，在联合国麻醉药品委员会年度会议期间，定期联合举办高级别活动。
为提升实战能力，自2003年起，上海合作组织成员国执法机关和武装力量定期举行“和平使命”联合反恐演习。
自2004年以来，上海合作组织观察团一直参与并监督该组织成员国境内及境外举行的选举活动。自2004年以来，共成立76个上海合作组织观察团。
