国家协调员理事会是本组织日常活动的协调和管理机构。理事会为国家元首会议、政府首脑（总理）会议和外交部长会议作必要准备。国家协调员由各成员国根据各自国内规定和程序任命。
理事会至少每年举行三次会议。主办国家元首会议例会的成员国国家协调员担任会议主席，任期自上次国家元首会议例会结束日起,至下次国家元首会议例会开始日止。
根据国家协调员理事会工作条例,受外交部长会议主席委托，国家协调员理事会主席可对外代表组织。
白俄罗斯共和国外交部无任所大使 - 安德烈・伊万诺维奇・卢切诺克
印度共和国国家协调员 - 阿洛克・阿米达普・迪姆里
伊朗伊斯兰共和国国家协调员 - 梅赫尔达德·基亚伊
哈萨克斯坦共和国国家协调员 - 穆拉特・阿尔滕加济耶维奇・穆库舍夫
中华人民共和国国家协调员 - 闫文滨
吉尔吉斯共和国国家协调员 - 阿尔马兹・卡姆奇别克维奇・布卡拉耶夫
巴基斯坦伊斯兰共和国国家协调员 - 艾耶沙・法尔哈特
俄罗斯联邦总统上海合作组织事务特别代表 - 巴赫季耶尔・马鲁福维奇・哈基莫夫
塔吉克斯坦共和国国家协调员 - 舒赫拉特·古尔马赫马德·索比尔佐达
