第三届上合组织国际马拉松赛主办方为优胜者设计了一套独一无二的奖牌。
香港著名设计大师、香港特区区徽设计者韩秉华先生担任2018上合昆明国际马拉松赛奖牌的设计师。
从设计理念上来看，该奖牌象征着上合组织成员国的团结、友谊、相互理解和相互信任，这与中国56个民族大团结以及昆明市和云南省鲜明独特的文化遥相呼应。
奖牌以四个组合圆心为基础，正面部分用飞翔的海鸥作为装饰。
这是因为西伯利亚海鸥在整个生命过程中多次从贝加尔湖飞向昆明湖，唱着人与自然和谐相处的颂歌，翱翔在美丽的"春城"上空。
奖牌的背面刻有上合组织会徽以及马拉松赛和田径协会的标志。
马拉松主赛道长度为42.195公里，这一距离符合体育赛事标准，并在马拉松运动员中广受欢迎。
昆明马拉松赛是官方认定的由所有上合组织国家参与的上合组织唯一体育赛事。